Август 1905 года ознаменовал новую веху в истории армяно-азербайджанского конфликта 1905-1906 гг., положив начало еще более кровопролитным столкновениям, охватывавшим все новые города и уезды Южного Кавказа. Во второй половине августа в Шушинском уезде Елизаветпольской губернии вспыхнула армяно-азербайджанская резня.
То, что она началась именно здесь, было не случайным. В начале ХХ в. Шуша превратилась в один из главных центров армянского национал-экстремизма. Как писал в 1903 г. елизаветпольский губернатор, именно в Шуше «пропаганда армянских революционеров свила себе настолько прочное гнездо, что борьба с преступной деятельностью их приобретает значение все более и более серьезной задачи правительства». 
Армяне терроризировали азербайджанское население для их выживания с целью создания этнически однородного анклава в Карабахе. Предвестником резни в Шуше стали эпизодические стычки между сторонами.
8 августа армяне убили фонарщика Мамедгусейна Усуб оглу. Азербайджанцы несколько дней требовали выдачи убийц, но армянская сторона заявляла, что фонарщика убили сами мусульмане, чтобы вызвать резню. Напряженность нарастала и достигла апогея после вести о перестрелке между спустившимися с кочевий азербайджанцами с армянами селения Дашалты. В перестрелке было убито и ранено несколько человек с обеих сторон. В связи с этим азербайджанцы соседних с Шушой сел начали принимать меры безопасности: они задерживали шайки армян, бродившие по дорогам, и обезоруживали их.
Вскоре армяне, вооруженные ружьями, стали собираться на рыночной площади. Начали произноситься эмоциональные речи о том, что мусульмане-де убивают армян, за городом зарезаны четыре человека и т.п. Наэлектризованные этими речами армяне убили двух азербайджанцев, затем начали громить и поджигать лавки азербайджанцев в армянской части города. Затем армяне, засев на высотах, стали обстреливать шоссейную дорогу, а азербайджанцы отвечали стрельбой. Точное число жертв первого дня беспорядков не установлено.
Армяне залили керосином и подожгли улицу, составлявшую границу между азербайджанской и армянской частями Шуши, чтобы не допустить мусульман в армянскую часть. Среди архивных материалов сохранилось свидетельство того, как действовали армяне при поджоге домов: «под прикрытием стариков мальчишки подбегали к азербайджанским домам, подкладывали под деревянные части ворот и забора тряпки, обливали их керосином и поджигали. У мальчиков было специальное снаряжение: сумки с тряпками и бутылки с керосином».
Тем временем азербайджанцы стали принимать меры самозащиты. 17 августа азербайджанцы завладели армянской церковью, служившей своего рода фортом, откуда велся обстрел азербайджанской части города. В ходе боев отрядам азербайджанской самообороны удалось оттеснить армян, занявших позиции на возвышенной части города. Это угрожало уничтожением целого армянского квартала. На защиту армян пришли войска и казаки, залпами орудий пытаясь оттеснить мусульман, «неустрашимо взбиравшихся по крутым подступам, ведущим в армянскую часть», как указывалось в официальном донесении.
В тот же день, 17 августа армянская сторона предложила азербайджанцам встретиться и просила шушинского уездного начальника М.И.Пивоварова выступить посредником на переговорах. Азербайджанцы отказались идти в армянскую часть города и предложили встретиться в доме принца Фатали Мирзы. Когда Пивоваров передал это условие армянам, те ответили, что для окончательного согласования вопроса они должны еще кого-то пригласить. Из этого уездный начальник сделал вывод, что стороны не спешат с переговорами и прекращением огня. Пивоваров подчеркивал, что армяне все время требовали применения войсками оружия для их защиты, но он не соглашался, поскольку не замечал военного перевеса у азербайджанцев. В то же время он признавал, что не имел достаточных сил для жестких мер против обеих сторон.
На следующий день стороны сделали еще одну попытку достичь перемирия. Инициативу в этом взяли на себя местные власти. М.И.Пивоваров в своем рапорте писал, что утром 18 августа, когда победа азербайджанцев не вызывала сомнений, он по поручению елизаветпольского вице-губернатора В.Н.Барановского отправился в мусульманскую часть Шуши, заручившись согласием армян встретиться где угодно.
Представители азербайджанцев заявили, что люди так ожесточены потерями и поджогами домов, что склонить их к перемирию будет непросто, и просили отсрочку до вечера. М.И.Пивоварову удалось с помощью увещеваний добиться того, что духовенство и уважаемые мусульмане обещали употребить все силы к прекращению перестрелки к 4 часам пополудни с условием, чтобы и с армянской стороны не было произведено ни одного выстрела. Однако стрельба со стороны армян продолжалась, поэтому азербайджанские представители не явились в дом принца Фатали Мирзы, где планировалось договориться о перемирии.
19 августа в Шушу приехал вице-губернатор В.Н.Барановский, который через влиятельных азербайджанцев и при содействии шейх уль-ислама А.Ахундзаде, прибывшего в город по поручению наместника 20 августа, стал уговаривать азербайджанскую сторону прекратить огонь и пойти на перемирие. В тот же день один из влиятельных в Шуше азербайджанских беков Джавад ага Джаваншир вместе с М.Пивоваровым и армянским епископом отправились сначала в армянскую часть города, а затем с губернским казием и архимандритом – в азербайджанскую часть. После этого обхода города было достигнуто перемирие, но довольно хрупкое в этот же день были сожжены два азербайджанских дома. Наутро, 20 августа вновь началась интенсивная перестрелка: азербайджанцы стремились положить конец армянским провокациям. К 9 утра вице-губернатор В.Барановский уговорил мусульман пойти на примирение. В одном из своих поздних донесений он писал: «…татары в Шуше не только помогали мне, но проявляли рыцарство в своем поведении».
Опасаясь новой вспышки насилия, он настоял и на том, чтобы армянское духовенство с крестом и хоругвями совершило шествие по азербайджанской части Шуши, где, соединившись с мусульманским духовенством, мирная процессия посетила мечети и поднялась наверх, в армянскую часть. К вечеру в городе установилось спокойствие, стороны обменялись заложниками и телами убитых.
По словам очевидца, когда процессия вышла из мечети, выстрелом с армянских позиций был убит азербайджанец. Невзирая на такое вероломство, мусульмане сдержали данное слово покончить с враждой и не стали отвечать. Позже выяснилось, что армяне уже после примирения убили еще 17 мусульман персидских подданных, работавших на строительстве городского реального училища.
26 августа 1905 г. вице-губернатор В.Барановский отправил наместнику донесение, в котором изложил свои оценки шушинской резни и общей ситуации в губернии. По его мнению, причиной межнационального кровопролития стала вековая вражда азербайджанцев и армян, в основе которой лежало презрение первых ко вторым, ибо азербайджанцы считали армян нацией трусливой и не способной к благородным порывам.
Несмотря на достигнутое перемирие, армяно-азербайджанские столкновения в Шуше продолжались всю вторую половину 1905 года. Избегая частых нападений на окрестные азербайджанские села, армяне сделали упор на тактике блокады азербайджанского населения. Дашнакские отряды заняли тракт на Агдам у Аскеранской крепости и закрыли все проселочные пути от Агдама до Шуши. Эта блокада, начавшаяся в августе 1905 г. и длившаяся также на протяжении 1906 года, привела к тому, что не только жители города, но и мусульмане Шушинского, Джебраильского и Зангезурского уездов лишились возможности получать продовольствие и предметы первой необходимости.
В дни шушинской резни армянские деятели, как это бывало во время трагических событий в Баку, Эриване, Нахчыване, Тифлисе, пытались представить себя безвинными жертвами. В письме шушинских армян на имя наместника азербайджанцы обвиняются в усиленном накоплении оружия накануне столкновений, армяне же представлены в качестве обороняющейся стороны.
Помощник по полицейской части генерал Е.Н.Ширинкин писал заведующему департамента полиции Н.П.Гарину: «Обращает внимание желание армян после неудачного столкновения выставить себя несчастными жертвами, пользуясь тенденциозными корреспонденциями и ложными донесениями по телеграфу».
Число жертв шушинской резни и материальные убытки точно определены не были. В отчете елизаветпольского губернатора сообщалось о 250 убитых и раненых без указания национальной принадлежности и уничтожении около 200 домов. О более чем 200 убитых и раненых сообщал в Петербург и генерал Е.Н.Ширинкин.
В докладе прокурора Елизаветпольского окружного суда А.А.Скульского в Министерство юстиции об итогах резни отмечается, что потерпевшей стороной в Шуше являются азербайджанцы и что армяне были лучше подготовлены и организованы.
Шушинская резня положила начало второму этапу армяно-азербайджанского конфликта. Они была примечательна в нескольких аспектах. Во-первых, армянские националисты извлекли уроки из своих предыдущих неудач в Баку, Нахчыване и Эриване и подготовились к погромам в Шуше более основательно.
Во-вторых, впервые именно в Шуше и ее окрестностях армяне стали осуществлять нападения и убийства азербайджанцев с целью сокращения их численности и вытеснения, то есть проводили этнические чистки.